May 22, 2010 05:39
14 yrs ago
1 viewer *
English term
gap existence cost
English to Hungarian
Science
Mathematics & Statistics
BLAST
The parameters that might cause an issue here are -r (match reward), -q (mismatch penalty), -G (gap existence cost), and -E (gap extension cost). ...
www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast_whatsnew.shtml
Gapped BLAST and PSI-BLAST use "affine gap costs" which charge the score -a for the existence of a gap, and the score -b for each residue in the gap. ...
www.ncbi.nlm.nih.gov/.../matrix_info.html
We tested alignment accuracy using 97 combinations of: match score, transition cost, transversion cost, gap existence cost, gap extension cost (e.g. ...
www.jsbi.org/modules/journal1/index.php/GIW09/.../GIW09P003...
-a Gap existence cost. -b Gap extension cost. A gap of size k costs: a + b*k. -c This option allows use of "generalized affine gap costs" (SF Altschul 1998, ...
last.cbrc.jp/doc/last-manual.txt
www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast_whatsnew.shtml
Gapped BLAST and PSI-BLAST use "affine gap costs" which charge the score -a for the existence of a gap, and the score -b for each residue in the gap. ...
www.ncbi.nlm.nih.gov/.../matrix_info.html
We tested alignment accuracy using 97 combinations of: match score, transition cost, transversion cost, gap existence cost, gap extension cost (e.g. ...
www.jsbi.org/modules/journal1/index.php/GIW09/.../GIW09P003...
-a Gap existence cost. -b Gap extension cost. A gap of size k costs: a + b*k. -c This option allows use of "generalized affine gap costs" (SF Altschul 1998, ...
last.cbrc.jp/doc/last-manual.txt
Proposed translations
(Hungarian)
4 | új hézag beszúrásának költsége |
Dora Zsadanyi
![]() |
3 +1 | gap/hézag költség |
István Hirsch
![]() |
Proposed translations
3 hrs
új hézag beszúrásának költsége
"The Gap Open cost (or Gap Existence cost) is the score taken away for the initiation of a gap in a sequence."
http://pir.georgetown.edu/pirwww/support/help.shtml
A gap extension cost, pedig a meglevő hézag növelésének költsége, a következő alapján:
"A hézagok beszúrását korlátozni kell: büntetõpontokat vezetünk be:
* Gap opening penalty: új hézag beszúrásakor alkalmazott büntetõpont
* Gap extension penalty: meglévõ hézag növelésekor alkalmazott büntetõpont"
http://www.enzim.hu/~szia/bioinformatika/ea03/ea03.htm
http://pir.georgetown.edu/pirwww/support/help.shtml
A gap extension cost, pedig a meglevő hézag növelésének költsége, a következő alapján:
"A hézagok beszúrását korlátozni kell: büntetõpontokat vezetünk be:
* Gap opening penalty: új hézag beszúrásakor alkalmazott büntetõpont
* Gap extension penalty: meglévõ hézag növelésekor alkalmazott büntetõpont"
http://www.enzim.hu/~szia/bioinformatika/ea03/ea03.htm
+1
2 hrs
gap/hézag költség
„gap” vagy „hézag” költség, konstans. Egy mátrix, ami definiálja 2 karakter közötti távolságot (büntetést) helyettesítéskor. Smith-Waterman algoritmus ...
www.inf.u-szeged.hu/~banhalmi/adatb/3_eloadas.ppt
--------------------------------------------------
Note added at 13 óra (2010-05-22 19:27:13 GMT)
--------------------------------------------------
Úgy tűnik, hogy a gap/hézag költség a "gap existence cost" és a "gap extension cost" összege, így nem egyezik a kérdezett kifejezéssel.
--------------------------------------------------
Note added at 2 nap9 óra (2010-05-24 14:47:48 GMT)
--------------------------------------------------
Új javaslat: hézagnyitási büntetés
„Lehet fix, de általában a hézag hosszával növekszik; „Affin” hézagbüntetés (wx, két részből áll): Hézagnyitási büntetés (nagy): g; Hézagkiterjesztési büntetés (kisebb): rx ... BLAST-nál. Páronkénti illesztés algoritmusa ...”
http://falco.elte.hu/oktatasianyag/szekvenciaillesztes2007_o...
www.inf.u-szeged.hu/~banhalmi/adatb/3_eloadas.ppt
--------------------------------------------------
Note added at 13 óra (2010-05-22 19:27:13 GMT)
--------------------------------------------------
Úgy tűnik, hogy a gap/hézag költség a "gap existence cost" és a "gap extension cost" összege, így nem egyezik a kérdezett kifejezéssel.
--------------------------------------------------
Note added at 2 nap9 óra (2010-05-24 14:47:48 GMT)
--------------------------------------------------
Új javaslat: hézagnyitási büntetés
„Lehet fix, de általában a hézag hosszával növekszik; „Affin” hézagbüntetés (wx, két részből áll): Hézagnyitási büntetés (nagy): g; Hézagkiterjesztési büntetés (kisebb): rx ... BLAST-nál. Páronkénti illesztés algoritmusa ...”
http://falco.elte.hu/oktatasianyag/szekvenciaillesztes2007_o...
Something went wrong...